为了探索牛奶乳清蛋白提取的最优方法，以生鲜荷斯坦牛奶为实验对象，采用不同等电点（pH4.6和pH4.8）沉淀法和超速离心法提取牛奶中乳清蛋白样品，并且对提取效果进行双向凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis，2-DE）图谱分析。

依据凝胶图谱上蛋白斑点比较图谱质量，采用PDQuest 8.0凝胶图像分析软件进行凝胶图谱分析。分析结果显示：2种方法均能有效提取牛奶乳清蛋白，获得的2-DE凝胶图谱背景清晰、蛋白点个体独立、无明显的拖尾现象，且重复性强，但都存在一定的酪蛋白残留。

与超速离心法相比，pH4.6沉淀法和pH4.8沉淀法所提取乳清蛋白的2-DE凝胶图谱可检测到比较多的蛋白质斑点。pH4.6沉淀法提取乳清蛋白制备的2-DE凝胶图谱中蛋白点的表达丰度略高于pH4.8沉淀法。研究表明：pH4.6沉淀法提取乳清蛋白制备2-DE凝胶图谱略优于pH 4.8沉淀法和超速离心法。但2 种等电点沉淀法和超速离心法都可有效去除牛奶中的高丰度酪蛋白，提高低丰度蛋白的检出敏感性。